えあ草紙やAIR草紙で利用している Flash Text Engine では、行頭に括弧が来る場合すべて天ツキで表示されます。
段落のはじめに空白文字が入っていれば下図の①のような表示になるはずですが、青空文庫を含む多くの場合括弧で始まる段落は空白を省略してあるため、それが段落の頭なのか、たまたま行の先頭に来ただけなのか、区別がつかない状態になっていました。
そこで、括弧が段落先頭にある場合は字下げ二分アキで表示するように修正しました。これで青空文庫作品でも③のような表示になるはずです。
AIR草紙については次のバージョンで対応しますので、しばらくお待ちください。